消化功能紊乱时可使用一些药物来缓解症状，比如促胃肠动力药多潘立酮，一般能在一定程度上改善胃肠动力不足的情况。
调节胃肠动力的药物
多潘立酮：能促进胃肠蠕动，加快胃排空，缓解腹胀、恶心等症状，它主要是通过阻滞多巴胺受体，增强胃肠道蠕动。莫沙必利：也是促胃肠动力药，可刺激肠肌间神经丛释放乙酰胆碱，促进胃肠道运动，对改善消化不良引起的不适有帮助。
调节消化液分泌的药物
胃蛋白酶：当消化功能紊乱导致消化液分泌不足时，胃蛋白酶可以帮助消化蛋白质，它是一种助消化药，能补充胃蛋白酶，促进蛋白质的消化分解。胰酶肠溶胶囊：含有胰蛋白酶、胰淀粉酶、胰脂肪酶等，能补充胰酶，帮助消化碳水化合物、脂肪和蛋白质，适用于胰腺外分泌功能不足引起的消化功能紊乱。
调节肠道菌群的药物
双歧杆菌四联活菌片：里面含有双歧杆菌、嗜酸乳杆菌等多种有益菌，能调节肠道菌群平衡，抑制有害菌的生长，改善因肠道菌群失调引起的消化功能紊乱，比如腹泻、便秘等情况。地衣芽孢杆菌活菌胶囊：可调整肠道菌群，对肠道有益菌有促进生长的作用，同时对有害菌有拮抗作用，维持肠道正常的消化功能。
缓解腹痛的药物
颠茄片：能解除胃肠道平滑肌痉挛，缓解消化功能紊乱引起的腹痛症状，它通过阻断M胆碱受体，松弛胃肠平滑肌。但青光眼患者禁用。山莨菪碱：也可缓解胃肠道痉挛性疼痛，作用与颠茄片类似，能改善胃肠绞痛，但脑出血急性期及青光眼患者禁用。