消化功能紊乱可以使用一些调节胃肠动力、改善消化的药物来缓解，比如多潘立酮、莫沙必利等。多潘立酮能促进胃肠蠕动，一般建议成人服用，但1岁以下婴儿需谨慎。莫沙必利也可促进胃肠动力，成人常用，儿童使用需遵医嘱。
调节胃肠动力类药物
多潘立酮：属于外周多巴胺受体拮抗剂，能直接作用于胃肠壁，增加食管下部括约肌张力，防止胃食管反流，增强胃蠕动，促进胃排空，协调胃与十二指肠运动，一般适用于成人因胃肠动力不足引起的消化不良等情况，但1岁以下婴儿由于其血脑屏障发育不完善，使用需谨慎，可能会有神经系统副作用风险。莫沙必利：是选择性5-羟色胺4（5-HT4）受体激动剂，能促进乙酰胆碱的释放，增强胃肠道蠕动，改善功能性消化不良患者的胃肠道症状，成人常用此药来缓解消化功能紊乱相关症状，儿童使用时需要由医生评估后谨慎决定是否使用。
助消化类药物
健胃消食片：由太子参、陈皮、山药、麦芽（炒）、山楂等组成，能健胃消食，用于脾胃虚弱所致的食积，症见不思饮食、嗳腐酸臭、脘腹胀满等，成人和儿童均可服用，但儿童需在成人监护下使用，按照说明书的剂量服用。乳酶生：为活肠球菌的干燥制剂，在肠内分解糖类生成乳酸，使肠内酸度增高，从而抑制腐败菌的生长繁殖，并防止肠内发酵，减少产气，因而有促进消化和止泻作用，适用于消化不良、腹胀及小儿饮食失调所引起的腹泻、绿便等，成人和儿童均可使用，儿童服用时可以研碎后服用，但要注意储存条件，需密封保存于阴凉处。
调节肠道菌群类药物
双歧杆菌四联活菌片：主要成分是婴儿双歧杆菌、嗜酸乳杆菌、粪肠球菌、蜡样芽孢杆菌，可直接补充人体正常生理细菌，调整肠道菌群平衡，抑制并清除肠道中对人具有潜在危害的细菌，用于治疗与肠道菌群失调相关的腹泻、便秘、功能性消化不良等，成人和儿童均可服用，儿童服用时可以用温水送服或嚼服，不过小于1岁的婴儿服用时，家长要注意遵医嘱调整剂量。地衣芽孢杆菌活菌胶囊：以活体地衣芽孢杆菌为主要成分，进入肠道后，对葡萄球菌、酵母样菌等致病菌有拮抗作用，而对双歧杆菌、乳酸杆菌、拟杆菌、消化链球菌有促进生长作用，从而可调整肠道菌群失调，改善人体微生态环境，达到治疗目的，适用于细菌或真菌引起的急、慢性肠炎、腹泻，也可用于其他原因引起的胃肠道菌群失调的防治，成人常用，儿童使用需在医生指导下进行。