顽固性便秘的治疗需要综合多方面因素，一般可以通过调整生活方式、药物辅助以及考虑手术等方法来改善。首先在生活方式调整方面，每天应保证足够的水分摄入，建议每天饮水1500~2000毫升左右，同时要多吃富含膳食纤维的食物，像蔬菜（每天至少500克绿叶菜）、水果（每天200~300克）、全谷物等，还要养成定时排便的习惯，尽量每天在固定时间去厕所尝试排便，哪怕没有便意也可以坚持几分钟，培养肠道的生物钟。
药物辅助治疗
泻药： 可以使用容积性泻药，如欧车前制剂，它能增加粪便体积，从而刺激肠道蠕动。还有渗透性泻药，像聚乙二醇电解质散，它可以在肠道内吸收水分，使粪便软化，易于排出。不过这类药物不能长期大量使用，以免引起电解质紊乱等问题。促胃肠动力药： 例如莫沙必利，它能促进胃肠道的蠕动，加快食物通过肠道的速度，从而缓解便秘，但对于有心脏病等特殊疾病的患者使用时要谨慎。
生物反馈治疗
生物反馈治疗是一种通过仪器让患者感知自身肠道肌肉活动情况的治疗方法。一般需要进行数周的训练，患者可以学习如何正确控制盆底肌肉和肠道的蠕动，大约有70%~80%的患者在经过规范的生物反馈治疗后，便秘症状能得到一定程度的改善，尤其适用于功能性便秘的患者。
手术治疗情况
手术适用人群： 对于经过严格的非手术治疗3~6个月以上仍无效，且症状严重影响生活质量的顽固性便秘患者，可以考虑手术治疗。比如对于因结肠传输功能障碍导致的便秘，可能会采用结肠部分切除术；对于盆底功能障碍引起的便秘，可能会进行盆底肌修复手术等。但手术是有严格适应证的，需要经过多学科评估后才能决定是否进行。