头孢丙烯颗粒和头孢克肟都属于头孢类抗生素，但它们在抗菌谱、药代动力学等方面存在不同。一般来说，头孢丙烯颗粒对革兰阳性菌的抗菌活性相对较强，头孢克肟对革兰阴性菌的作用相对更突出。
抗菌谱方面
头孢丙烯颗粒：主要对金黄色葡萄球菌、肺炎链球菌等革兰阳性菌以及流感嗜血杆菌等部分革兰阴性菌有抗菌作用。比如对一些由化脓性链球菌引起的咽炎、扁桃体炎等，头孢丙烯颗粒可能有较好的抗菌效果。头孢克肟：对肺炎克雷伯菌、变形杆菌属等革兰阴性菌的抗菌活性较好，常用于治疗由这些革兰阴性菌引起的呼吸道感染、泌尿系统感染等，像一些敏感菌导致的支气管炎、膀胱炎等。
药代动力学方面
头孢丙烯颗粒：口服吸收良好，约90%的药物可被吸收，进食不影响其吸收。头孢克肟：口服后吸收也较为迅速，但是食物可能会影响其吸收程度，进食后服用头孢克肟的生物利用度会有所降低。
适应证方面
头孢丙烯颗粒：适用于敏感菌所致的下列轻、中度感染，上呼吸道感染，如化脓性链球菌性咽炎/扁桃体炎，注：通常治疗和预防链球菌感染（包括预防风湿热）应选择肌内注射青霉素。虽然头孢丙烯颗粒可有效治疗链球菌性咽炎和扁桃体炎，但尚未有头孢丙烯颗粒预防风湿热的疗效资料；下呼吸道感染，如肺炎链球菌、流感嗜血杆菌（包括产β-内酰胺酶菌株）和卡他莫拉菌（包括产β-内酰胺酶菌株）性肺炎。头孢克肟：适用于对头孢克肟敏感的链球菌属（肠球菌除外）、肺炎球菌、淋球菌、卡他布兰汉球菌、大肠杆菌、克雷伯杆菌属、沙雷菌属、变形杆菌属及流感杆菌等引起的下列细菌感染性疾病，支气管炎、支气管扩张症（感染时），慢性呼吸系统感染疾病的继发感染，肺炎；肾盂肾炎、膀胱炎、淋球菌性尿道炎；胆囊炎、胆管炎；猩红热；中耳炎、副鼻窦炎。