宝宝反复发热39°C但不咳嗽、不流鼻涕，可能由以下原因引起：
1.幼儿急疹：多见于6个月至18个月的宝宝，一般除了高热以外，没有其他明显的症状。高热时精神状态通常较好，高热持续3-5天后体温骤降，同时出现红色皮疹。
2.上呼吸道感染：部分宝宝上呼吸道感染后仅表现为发热，而没有咳嗽、流涕等其他症状。
3.其他感染性疾病：如泌尿系统感染、脑炎、脑膜炎等，也可能出现发热而无咳嗽、流涕等症状。
4.免疫性疾病：如幼年特发性关节炎、系统性红斑狼疮等，也可能导致宝宝反复发热。
5.药物热：某些药物可能引起药物热，表现为发热，而没有其他明显症状。
针对这种情况，家长可以采取以下措施：
1.给宝宝多喝水，以补充发热丢失的水分。
2.密切观察宝宝的精神状态、呼吸情况等，如果出现精神萎靡、呼吸急促等异常，应及时就医。
3.可先给宝宝口服退烧药，如布洛芬或对乙酰氨基酚，按照说明书的剂量使用。
4.及时带宝宝去医院就诊，进行相关检查，如血常规、C反应蛋白、支原体抗体、胸片等，以明确病因，并在医生的指导下进行治疗。
需要注意的是，不建议家长自行给宝宝使用抗生素，因为抗生素对病毒感染无效，而且滥用抗生素可能会导致耐药菌的产生。同时，在就诊过程中，应如实告知医生宝宝的症状、用药情况等，以便医生做出准确的诊断和治疗。