扁平疣最好的办法需要根据具体情况选择，一般来说药物治疗是常用方法之一，还有物理治疗等方式。比如对于一些扁平疣，可以采用外用药物治疗等。
外用药物治疗
维A酸类药物：常用的有维A酸乳膏等，它可以调节细胞分化，对扁平疣有一定的治疗作用，但使用时要注意避免接触正常皮肤，且可能会有局部刺激等反应，一般需要连续使用几周甚至更长时间才能看到效果。干扰素凝胶：具有抗病毒作用，能抑制病毒的复制。每天可以涂抹数次，不过使用过程中可能会出现局部轻微的红肿、瘙痒等不适，若症状明显需停药并就医。
物理治疗方式
冷冻治疗：利用低温使疣体坏死脱落。一般一次冷冻可能不够，可能需要多次治疗，治疗后局部会出现水疱、结痂等，要注意保持局部清洁干燥，避免感染，大约1 - 2周结痂会脱落，但可能会留下暂时的色素沉着。激光治疗：通过激光的能量烧灼疣体，使其去除。治疗相对较快，但术后要注意创面护理，防止感染，可能会有一定的疼痛，恢复时间一般在一周左右，也可能会有遗留疤痕的风险，尤其是疤痕体质的人要谨慎选择。
自身免疫调节相关
提高免疫力：自身免疫力对扁平疣的恢复有一定影响。平时要注意保持良好的生活习惯，保证充足的睡眠，一般建议成年人每天睡眠7 - 8小时左右，同时要均衡饮食，多摄入富含维生素和蛋白质的食物，像新鲜的蔬菜水果、牛奶、鸡蛋等，以帮助增强免疫力，促进扁平疣的消退。不过免疫力的调节是一个长期的过程，不能期望短期内有明显效果，但坚持下来对身体整体健康和扁平疣的恢复都有好处。