自然流产后没流干净，应根据残留物的大小、位置以及出血量等情况，采取不同的处理方法，具体如下：
1.观察等待：如果残留物较小，且无明显症状，出血量少，可在医生的指导下使用药物，如益母草、新生化颗粒等，促进残留物排出。同时，需密切观察阴道出血情况和腹痛情况，定期复查B超，了解残留物的排出情况。
2.清宫手术：如果残留物较大，或出血较多，药物治疗效果不佳，可能需要进行清宫手术。清宫手术是一种较为常见的妇科手术，通过负压吸引或刮宫的方式将宫腔内的残留物清除干净。清宫手术一般在麻醉下进行，手术时间较短，术后恢复较快。
3.其他治疗方法：如果患者有凝血功能障碍等禁忌症，不适合进行清宫手术，或残留物位于子宫角等特殊部位，清宫手术难度较大，可能需要采取其他治疗方法，如宫腔镜下清宫术、子宫动脉栓塞术等。
需要注意的是，自然流产后没流干净可能会导致感染、出血等并发症，严重时甚至会影响生育功能。因此，患者应及时就医，在医生的指导下选择合适的治疗方法。此外，在自然流产后，患者应注意休息，加强营养，保持外阴清洁，避免性生活和盆浴一个月。同时，需按照医生的要求定期复查，了解身体的恢复情况。