乳头内陷主要是由多种因素引起的，其中先天性因素较为常见，约占总数的2/3。
先天性发育异常
乳腺导管短缩： 胚胎发育时期，乳腺导管发育出现异常，导致导管短缩，进而牵拉乳头，引起内陷。一般从青春期开始就能发现乳头有内陷的趋势，且这种情况多为双侧发病。乳头平滑肌发育不良： 乳头处的平滑肌发育不良，使得乳头缺乏正常的支撑结构，容易出现内陷。这种情况在乳房发育过程中就可能逐渐显现。
疾病因素
乳腺疾病： 某些乳腺疾病也可能导致乳头内陷，比如乳腺癌。乳腺癌组织浸润乳腺导管、韧带等结构，会影响乳头的正常位置，一般单侧乳房出现乳头内陷且伴有乳房皮肤改变（如橘皮样改变）、乳房肿块等情况时，要高度警惕乳腺癌的可能。另外，乳腺炎症性疾病，如乳腺炎，在炎症修复过程中形成瘢痕组织，也可能牵拉乳头导致内陷。先天性乳房发育不良： 先天性乳房发育不良会影响乳头的正常形态和位置，导致乳头内陷。这类患者除了乳头内陷外，可能还伴有乳房体积较小等情况。
穿着因素
不合适的内衣： 长期穿着过紧的内衣，尤其是过小的胸罩，会对乳房造成压迫，影响乳头的正常发育，进而导致乳头内陷。例如，青春期女性为了追求身材苗条而过早穿戴过于紧身的内衣，就容易引发乳头内陷问题。一般建议选择合适尺码、宽松舒适的内衣，尤其是在乳房发育阶段。束胸： 一些特殊职业或个人偏好可能会有束胸的行为，过度束胸会严重影响乳房的正常血液循环和发育，导致乳头受到压迫而内陷。长期束胸还可能引发乳房疾病等其他健康问题。