近亲结婚生下来的孩子患遗传病的风险会明显增加。据统计，近亲结婚所生子女的隐性遗传病发病率比非近亲结婚高出150倍，新生儿死亡率也高出3倍多。
遗传病发病风险高
隐性遗传病几率增大： 近亲之间携带相同隐性致病基因的概率较高。比如常染色体隐性遗传病，像白化病，正常人群中携带隐性致病基因的概率较低，但近亲结婚时，双方都携带同一隐性致病基因的可能性大幅上升，孩子就有较大概率从父母双方各继承一个隐性致病基因而发病。伴性隐性遗传病风险： 对于一些伴性隐性遗传病，如红绿色盲等，近亲结婚也会使子代发病风险显著提高。男性子代可能从母亲那里继承致病基因而发病，因为男性只有一条X染色体，只要携带致病基因就会表现出病症。
生长发育可能受影响
体格发育迟缓： 近亲结婚生下的孩子在体格发育方面往往可能出现问题。部分孩子身高增长速度可能比非近亲结婚的孩子慢，体重增长也可能相对缓慢。比如在婴幼儿时期，就会表现出比同龄孩子瘦小、个子偏矮的情况。智力发育障碍风险： 有研究表明，近亲结婚所生子女智力发育障碍的发生率比非近亲结婚的要高很多。一些孩子可能存在不同程度的智力落后，在认知、学习能力等方面明显低于正常儿童水平。比如在学校学习时，理解知识、接受新知识的速度明显慢于其他同学。
健康状况更易出现问题
免疫系统功能较弱： 近亲结婚生下的孩子免疫系统功能相对较弱，更容易患上各种疾病。他们可能经常感冒、发烧，呼吸道感染等疾病的发生频率比非近亲结婚的孩子高很多。例如，在流感流行季节，近亲结婚家庭的孩子感染流感的几率明显更高，而且患病后恢复的时间也可能更长。先天性疾病发生率高： 近亲结婚还会导致孩子先天性疾病的发生率增加。像先天性心脏病等先天性疾病，近亲结婚所生子女的发病概率比非近亲结婚的要高不少。这些先天性疾病会给孩子的身体健康带来长期的影响，甚至可能需要通过手术等方式进行治疗。