引起手足口病的病原体主要是肠道病毒，其中以肠道病毒71型（EV71）和柯萨奇病毒A组16型（CoxA16）最为常见，约占引发手足口病病原体的70%左右。
肠道病毒71型（EV71）
病毒特点： EV71是一种较为常见的引发手足口病的病原体，它具有一定的传染性，主要通过密切接触传播。感染EV71后，患儿可能出现比较严重的症状，如高热、肢体抖动、精神差等，少数患儿还可能并发脑炎、心肌炎等严重并发症。流行情况： 在手足口病的流行季节，尤其是在一些托幼机构等儿童密集场所，EV71感染引起的手足口病病例占比较高，曾有多次大规模的EV71引发手足口病流行的情况报道。
柯萨奇病毒A组16型（CoxA16）
病毒特点： CoxA16也是引发手足口病的重要病原体之一，它引起的手足口病症状相对EV71来说可能相对较轻，多数患儿表现为发热，手、足、口腔等部位出现疱疹或溃疡，但一般较少出现严重的并发症。传播方式： 同样主要通过人群密切接触传播，比如在幼儿园里，一个孩子感染了CoxA16，很容易通过接触玩具、餐具等物品传染给其他孩子。
其他肠道病毒
埃可病毒等： 除了EV71和CoxA16外，还有一些其他肠道病毒也可引起手足口病，比如埃可病毒等。这些病毒引起的手足口病症状表现多样，有的可能症状相对轻微，仅表现为轻度发热和皮疹，有的也可能有一些不典型的表现，但总体来说相对EV71和CoxA16引起的病例，严重程度相对较低。传播与防控： 这些肠道病毒引起的手足口病传播途径与其他引发手足口病的病原体类似，在防控上也需要注意做好个人卫生、环境消毒等措施，减少病毒传播的机会。