阴茎上面皮肤长小水泡通常由以下原因引起：
一、阴囊湿疹：阴茎上面皮肤长小水泡可能源于阴囊湿疹。这主要是因为患者局部接触到过敏原，进而使局部皮肤产生过敏反应。对此种情况，一般建议患者在医生指导下使用莫匹罗星软膏，其主要成分包括莫匹罗星等，能对一些细菌起到抑制作用，从而有助于缓解症状；夫西地酸乳膏也可应用，它的主要成分是夫西地酸，具有一定的抗菌功效。
二、生殖器疱疹：上述症状也可能是患者感染带状疱疹病毒而引发。这时会导致局部出现小水泡，同时伴有瘙痒、破溃、出血等不良状况。一般建议患者在医生指导下使用泛昔洛韦，其可通过抑制病毒DNA的合成来发挥抗病毒作用；阿昔洛韦也是常用药物，能有效对抗病毒感染。
三、包皮龟头炎：上述症状还有可能是患者患有包皮龟头炎所导致。患者患上包皮龟头炎后，主要表现为包皮红肿、灼痛，严重时就会出现这种不良情况，并且可能有脓性分泌物从包皮口流出。一般建议患者可以在医生指导下使用庆大霉素，它对多种革兰阴性菌及阳性菌都有良好的抗菌作用；卡那霉素也可选用，能起到抑制细菌的效果。
总之，当阴茎上面皮肤出现长小水泡的情况时，需要及时就医，明确具体原因后进行针对性的治疗。