口腔溃疡治疗没有绝对最管用的药，常用的有含漱类药物、贴片类药物等。一般来说，使用康复新液含漱，能促进溃疡面愈合，通常一天含漱3 - 4次；西地碘含片有杀菌抗炎作用，一次含服1片，一天3 - 5次。
含漱类药物
康复新液： 它可以改善创面微循环，促进肉芽组织生长和表皮细胞增殖，从而加速口腔溃疡愈合。使用时需含漱一段时间，让药液充分接触溃疡面。氯己定含漱液： 能有效杀灭口腔内的细菌，抑制菌斑形成，减轻口腔溃疡处的炎症反应。一般每天含漱2 - 3次，每次含漱10 - 20毫升。
贴片类药物
醋酸地塞米松粘贴片： 属于糖皮质激素类药物，具有抗炎、抗过敏的作用，可减轻口腔溃疡的红肿疼痛。使用时将贴片贴于溃疡处，一次1片，一日总量不超过3片。但长期使用可能会有局部刺激等不良反应，不宜频繁长期使用。甲硝唑口腔粘贴片： 主要用于厌氧菌感染引起的口腔溃疡，能抑制厌氧菌的生长繁殖。使用时贴于溃疡部位，一次1片，一日3次。
散剂类药物
冰硼散： 有清热解毒、消肿止痛的功效，可直接撒于口腔溃疡表面。使用时要注意用药量，少量多次使用，能缓解口腔溃疡的疼痛等症状。锡类散： 同样具有解毒化腐的作用，对于口腔溃疡也有一定的治疗效果。使用方法是将药粉吹敷于溃疡处，一天1 - 2次。
促进愈合的维生素类药物
维生素C片： 可以将维生素C片研成粉末，敷于口腔溃疡处，能促进溃疡愈合。因为维生素C参与体内多种代谢过程，对黏膜修复有一定帮助。复合维生素B： 它包含多种B族维生素，能维持口腔黏膜的正常代谢，缺乏B族维生素可能导致口腔溃疡等问题，适当补充复合维生素B有助于预防和辅助治疗口腔溃疡。