口腔溃疡的治疗药物有多种，局部用药相对常用，比如西瓜霜喷剂，一般使用后能在数小时内缓解疼痛，促进创面愈合。
局部外用药
含漱剂：常用的有氯己定含漱液，它能杀灭口腔内的细菌，抑制炎症，每天含漱2 - 3次，每次含漱10 - 30秒，可帮助减轻口腔溃疡处的炎症反应。散剂：像冰硼散，直接撒在溃疡面上，能起到清热解毒、消肿止痛的作用，但使用时可能会有短暂的刺痛感。
促进愈合类药物
重组人表皮生长因子凝胶：它可以促进口腔溃疡创面的细胞增殖和分化，加速愈合过程。一般每天涂抹2 - 3次，涂抹后尽量保持口腔静止状态几分钟，让药物更好地发挥作用。维生素类药物：维生素B₂可以参与机体的新陈代谢，缺乏时容易引发口腔溃疡，患者可以适当补充维生素B₂片，也可以通过多吃富含维生素B₂的食物，如动物肝脏、绿叶蔬菜等来辅助治疗。
缓解疼痛类药物
利多卡因凝胶：这是一种局部麻醉剂，对于疼痛较为剧烈的口腔溃疡患者，在进食前涂抹少许，能快速起到止痛作用，不过不能频繁使用，以免产生依赖性。苯佐卡因凝胶：同样具有局部止痛的效果，能有效缓解口腔溃疡带来的疼痛，但使用时要注意按照说明书的要求使用，避免过量。
调节免疫类药物
如果是复发性口腔溃疡且与免疫因素相关的情况，可能会用到转移因子口服液等调节免疫的药物。转移因子口服液可以调节机体免疫功能，增强免疫力，但它需要在医生的指导下根据患者的具体免疫状况来使用，一般需要连续服用一段时间才能看到效果。