结核性肠炎主要症状表现多样，常见的有腹痛，多为右下腹或脐周隐痛，约半数患者伴有不同程度的腹泻，每日排便数次至十余次不等，粪便多为糊样，一般无脓血，重者腹泻可较明显。
肠道症状表现
腹痛特点： 多数患者有腹痛症状，疼痛部位多在右下腹或脐周，疼痛性质一般为隐痛或钝痛，有时在进餐时诱发，与进食引起胃肠反射或肠内容物通过病变肠段，引起局部肠痉挛有关。在病情活动期，因炎症波及腹膜或有肠系膜淋巴结结核，可有较明显的腹痛。腹泻情况： 腹泻是结核性肠炎常见症状之一，粪便多呈糊样，一般每日排便2 - 4次，重者可达每日十余次。如果病变累及结肠，可能会出现黏液便，但一般无脓血，这是与其他肠道炎症性疾病的区别点之一。
全身症状表现
发热： 患者常有低热、盗汗等结核中毒症状，一般体温在37.5℃ - 38℃之间，午后低热较为常见，部分患者可出现高热，体温可达39℃以上。盗汗表现为夜间或睡醒时出汗，严重者可湿透衣被。消瘦、乏力： 由于结核杆菌感染导致机体消耗增加，患者会出现消瘦、乏力等表现。体重可逐渐下降，体力明显减退，影响日常生活和工作。
腹部体征表现
腹部压痛： 多数患者右下腹或脐周有轻至中度压痛，压痛部位相对固定，这是因为病变多位于回盲部等部位。腹部包块： 约1/3患者可触及腹部包块，多见于右下腹，包块大小不一，质地中等，比较固定，伴有轻至中度压痛。包块形成的原因是肠粘连、增厚的大网膜、肠系膜淋巴结结核以及干酪样坏死物积聚等。腹部柔韧感： 部分患者腹部有柔韧感，这是由于腹膜慢性炎症、增厚、粘连所致，是结核性腹膜炎的常见体征，但在结核性肠炎中也可能出现。