结核性肠炎主要症状表现多样，患者常出现腹痛，多为右下腹或脐周隐痛，有时呈痉挛性疼痛，进食后加重，排便后可稍有缓解。还会有腹泻与便秘交替的情况，早期大便多呈糊状，无脓血，有时腹泻与便秘交替，晚期若肠壁增厚、肠腔狭窄，可出现部分肠梗阻表现。另外，患者可能有全身症状，比如发热，多为低热或中等度热，少数患者有高热，还可能伴有盗汗、乏力、消瘦等结核中毒症状。
肠道症状表现
腹痛特点： 多数患者腹痛部位在右下腹，疼痛性质一般为隐痛或钝痛，在进食后会加重，这是因为进食会促使胃肠蠕动增加，刺激病变肠段。部分患者会出现痉挛性腹痛，排便后疼痛可有所减轻。腹泻与便秘情况： 疾病早期，肠道功能紊乱，大便多为糊状，不含脓血。随着病情发展，可能出现腹泻与便秘交替的现象。当病变导致肠腔狭窄时，会出现部分肠梗阻症状，表现为腹胀、腹痛加剧，停止排气排便等。
全身症状体现
发热表现： 结核性肠炎患者的发热以低热或中等度热较为常见，体温一般在37.5℃~38.5℃之间。少数患者会出现高热，体温可超过38.5℃。发热多在午后出现，伴有夜间盗汗现象。全身消耗表现： 由于结核杆菌感染导致身体处于慢性消耗状态，患者会逐渐出现乏力、消瘦等症状，体重可能会在短期内明显下降，精神状态也会变差。
体征方面表现
腹部体征： 部分患者右下腹可触及包块，质地中等，比较固定，有轻度压痛。如果出现肠梗阻，会有腹部膨隆、可见肠型等表现。另外，患者可能有腹部柔韧感，这是结核性腹膜炎的常见体征，在结核性肠炎合并腹膜炎时可出现。
辅助检查相关表现
实验室检查： 血常规检查可见红细胞、血红蛋白降低，白细胞计数可正常或轻度升高。血沉常增快，提示体内有炎症反应。结核菌素试验多呈阳性，尤其是强阳性时对诊断有一定提示意义。影像学检查： 结肠镜检查可见回盲部、升结肠等部位有溃疡、炎症、息肉或狭窄等病变，取活检可发现干酪样坏死性肉芽肿，这对确诊结核性肠炎有重要价值。X线钡剂灌肠检查可见病变肠段跳跃征、溃疡、肠管狭窄等表现，有助于了解肠道病变的范围和程度。