结核性肠炎主要症状多样，常见的有腹痛，多为右下腹或脐周隐痛，有时呈痉挛性疼痛，一般持续数小时至数天，间隔数天再发作。还有腹泻与便秘交替的情况，早期腹泻可能较常见，每日数次，为糊状便，无脓血，随着病情发展，也可能出现便秘。
消化系统症状表现
腹痛特点： 多数患者有腹痛症状，疼痛部位多在右下腹，疼痛性质一般为隐痛或钝痛，有时在进餐时诱发，这是因为进餐会引起胃肠反射或肠内容物通过病变部位，促使病灶痉挛或收缩。部分患者可出现全腹疼痛，这往往是病变肠段急性穿孔，或者同时有肠系膜淋巴结结核急性穿孔所致。腹泻表现： 腹泻是结核性肠炎常见症状之一，粪便多呈糊样，一般每日3 - 4次，重者每日可达10余次，无脓血及黏液，但病变累及结肠下段或直肠时，可有黏液脓血便及里急后重感。
全身症状表现
发热盗汗： 患者常有午后低热，体温一般在37.5 - 38℃左右，伴有夜间盗汗现象，这是结核杆菌毒素吸收引起的毒性症状。病情严重者可出现高热，体温可达39℃以上，同时伴有寒战等全身中毒症状。消瘦乏力： 由于肠道吸收功能障碍和结核杆菌毒素的影响，患者会出现消瘦、乏力等表现，体重逐渐下降，精神状态变差，体力明显减弱，影响日常生活和工作。
腹部体征表现
腹部压痛： 多数患者右下腹有固定性压痛，压痛点比较局限，程度一般较轻。腹部肿块： 约有1/3的患者可触及腹部肿块，肿块多位于右下腹，大小不一，质地中等，比较固定，伴有轻度或中度压痛。肿块形成的原因可能是病变肠曲与周围组织粘连，或肠系膜淋巴结结核，或干酪样坏死物积聚。肠梗阻表现： 肠梗阻是结核性肠炎的常见并发症之一，多为慢性肠梗阻，主要表现为腹胀、腹痛、呕吐、停止排气排便等。如果是急性肠梗阻，则病情较为严重，需要及时处理。