导致口腔溃疡的原因一般有多种，比如机体缺乏营养素，像约20%的口腔溃疡患者是因为体内缺乏维生素B₂、维生素B₁₂等，或者是缺乏铁、锌等微量元素引发的。
一、局部创伤因素
口腔内物理刺激：比如刷牙时用力过猛，不小心划伤口腔黏膜；或者吃了过于尖锐、粗糙的食物，像薯片的尖角部分，划伤了口腔内壁，就容易引发口腔溃疡。还有牙齿的残根、残冠等不平整的部位，长期摩擦口腔黏膜，也会导致口腔溃疡的出现。咬合关系问题：如果牙齿的咬合关系不正常，比如个别牙齿错位，在咀嚼过程中，上下牙齿频繁摩擦口腔黏膜，时间长了也会造成口腔溃疡。
二、免疫系统因素
免疫力低下时：当人体免疫力下降，比如感冒、过度疲劳、睡眠严重不足等情况发生时，身体的免疫防御功能减弱，就容易让潜伏在口腔内的病毒或细菌活跃起来，从而引发口腔溃疡。例如，连续熬夜2 - 3天后，很多人就可能出现口腔溃疡。自身免疫性疾病关联：像白塞病这类自身免疫性疾病，口腔溃疡是其常见的症状之一。患者除了口腔反复长溃疡外，还可能伴有眼部、生殖器等部位的病变。
三、精神心理因素
长期压力大：现代社会中，人们工作、学习压力大，如果长期处于精神紧张、焦虑、抑郁等状态下，会影响神经系统的调节功能，进而干扰免疫系统和内分泌系统，增加口腔溃疡的发生几率。比如学生考试前精神高度紧张，就容易长口腔溃疡。情绪波动大：突然遭受重大的生活事件，如亲人离世、失业等，导致情绪剧烈波动，也可能诱发口腔溃疡。