口腔溃疡的发生通常与多种因素相关，一般认为约20% - 30%的人受遗传因素影响易长口腔溃疡，比如父母经常长口腔溃疡的人，自己长口腔溃疡的概率相对更高。
局部创伤因素
口腔内异物摩擦： 当口腔内有残根、残冠或者不合适的假牙等，长期摩擦口腔黏膜，就容易引发口腔溃疡。比如有的老人佩戴假牙不合适，口腔黏膜被磨破后就可能形成溃疡。咬伤口腔黏膜： 吃饭时不小心咬伤口腔内侧黏膜，也会导致口腔溃疡。比如吃东西太快、太急，就可能咬到自己的颊黏膜，进而引发溃疡。
营养缺乏因素
维生素缺乏： 当人体缺乏维生素B族（尤其是B2）、维生素C等时，容易出现口腔溃疡。比如长期挑食、偏食的人，摄入维生素不足，就增加了长口腔溃疡的风险。有研究发现，维生素B2缺乏会影响黏膜的正常代谢，从而引发溃疡。微量元素缺乏： 像锌、铁等微量元素缺乏也和口腔溃疡有关。例如锌参与人体多种酶的合成，缺乏锌会影响细胞的正常分裂等过程，容易导致口腔溃疡反复发作。
免疫系统因素
免疫力下降时易发： 当人体免疫力低下时，比如熬夜、过度劳累后，身体的免疫防御功能减弱，就容易让潜伏在口腔内的病毒或细菌活跃起来，引发口腔溃疡。一般熬夜后1 - 2天，就可能发现口腔出现溃疡。自身免疫性疾病关联： 某些自身免疫性疾病也可能伴随口腔溃疡，比如白塞病，除了口腔溃疡外，还会有眼部病变、生殖器溃疡等表现。
其他因素
精神因素影响： 长期精神紧张、焦虑、压力大等，会通过神经内分泌系统影响免疫系统和黏膜代谢，从而诱发口腔溃疡。比如考试前、工作压力大时，很多人会出现口腔溃疡。激素变化影响： 女性在月经前后，体内激素水平发生变化，也容易长口腔溃疡。研究显示，约有20%的女性在月经前期会出现口腔溃疡发作的情况。