上厕所时肛门疼痛可能由多种原因引起。比如肛裂，通常是因为大便干结，排便时撑裂肛管皮肤，会有明显的刀割样疼痛，还可能伴有便血，一般疼痛时间可能持续数分钟到数小时不等。
肛裂导致的肛门疼痛
肛裂成因： 长期便秘、大便干结是引发肛裂的常见原因，粪便过硬太粗，通过肛门时就容易损伤肛管黏膜。缓解办法： 要多吃蔬菜水果，像每天保证摄入500克以上的蔬菜和200克左右的水果，保持大便通畅，避免便秘加重肛裂。
痔疮引发的肛门疼痛
内痔脱出： Ⅱ度以上的内痔可能会脱出肛门外，若脱出后不能及时回纳，就会引起肛门疼痛，还可能伴有坠胀感。外痔情况： 炎性外痔会出现肛门肿胀、疼痛，触摸时疼痛明显，结缔组织外痔一般平时可能没什么感觉，但如果发炎也会疼痛。预防痔疮要避免久坐久站，每隔1小时左右就起身活动5 - 10分钟。
肛周脓肿造成的肛门疼痛
脓肿初期： 肛周会出现小硬块或肿块，伴有疼痛、红肿，随着脓肿发展，疼痛会加剧，还可能伴有发热等全身症状。脓肿发展： 当脓肿自行破溃或切开引流后，疼痛会有所缓解，但容易形成肛瘘。一旦怀疑肛周脓肿，要及时就医，避免病情加重。
肛窦炎导致的肛门疼痛
炎症刺激： 肛窦受细菌感染发炎后，会出现肛门部坠胀感，排便时粪便刺激发炎的肛窦，就会引发疼痛，还可能伴有少量脓性分泌物排出。预防肛窦炎要注意肛门清洁，每天用温水清洗肛门1 - 2次，保持肛门局部卫生。