上厕所时出现肛门疼痛，通常由多种肛肠疾病导致，常见的有痔疮、肛窦炎、肛裂、皮肤皲裂等。
一、痔疮：这是肛周附近隆起的静脉团块。其中质地坚硬的血栓性外痔，以及会引起便血的内痔较为常见。痔疮是上厕所时肛门疼的极为常见原因。具体来说，当形成血栓性外痔时，由于其对肛门局部造成刺激和压迫，会引起明显的疼痛；内痔则往往在其发作，如脱出、嵌顿等情况下，引发肛门疼痛。
二、肛窦炎：如果出现频繁腹泻或者大便干结的情况，就可能引发肛窦炎性感染，从而导致上厕所时肛门疼痛，有时会表现为烧灼样疼痛，甚至伴有瘙痒感。这是因为炎症刺激了肛窦及周围组织，进而引发这些不适症状。
三、肛裂：在便秘时容易出现肛裂现象，主要表现为剧烈疼痛。而且便秘会进一步加重肛裂的症状，使得在排便时产生极为强烈的肛门疼痛。因为肛裂形成后，在排便时肛门会被撑开，裂口受到刺激，疼痛就会加剧。
四、皮肤皲裂：急性肛门湿疹容易引发皮肤皲裂，在排便或运动时，就会出现肛门疼痛。因为皮肤出现皲裂后，在这些活动时会牵扯到裂口，导致疼痛。
此外，急性胃肠炎引起的腹泻、直肠癌、肛管癌等情况，也都会在排便时出现肛门疼痛。所以，如果出现肛门疼痛的情况，建议尽早前往医院进行肛肠疾病的检查，明确病因，以便能够及时进行治疗。
总之，上厕所时肛门疼痛的原因多样，要重视并及时检查处理。