治口腔溃疡的药有多种，常见的局部用药如西瓜霜喷剂，一般使用后能在数小时内起到一定的止痛、促进愈合作用。
局部外用药
含漱剂：氯己定含漱液是比较常用的，它能杀灭口腔内的细菌，抑制菌斑形成，一般每天含漱2 - 3次，每次含漱10 - 30秒，可帮助减轻口腔溃疡局部的炎症。散剂：冰硼散也是常用的，它有清热解毒、消肿止痛的功效，直接撒在溃疡面上，能缓解疼痛，促进溃疡愈合，但使用时要注意避免接触眼睛等敏感部位。
促进愈合类药物
重组人表皮生长因子凝胶：它可以促进口腔溃疡创面的细胞修复和再生，加快溃疡愈合。使用时清洁口腔后，取适量凝胶涂抹在溃疡处，一天使用数次即可。不过要注意，对凝胶过敏者禁用。维生素类药物：维生素B2片可以口服，它能参与体内的生物氧化与能量代谢等过程，有助于维持黏膜的正常代谢，对口腔溃疡的愈合有一定帮助，一般成人每次口服5 - 10毫克，每天3次，但儿童服用时需在医生指导下调整剂量。
缓解疼痛类药物
利多卡因凝胶：这是一种局部麻醉剂，对于疼痛较为剧烈的口腔溃疡患者，可以在进食前涂抹少量，能起到暂时止痛的作用，让患者能正常进食，但不能长期大量使用，以免产生依赖性等不良反应。苯佐卡因凝胶：同样是通过麻醉神经末梢来缓解疼痛，使用方法是将凝胶涂于溃疡表面，不过儿童使用时要谨慎，避免误吞。
免疫调节类药物
转移因子口服溶液：它可以调节机体免疫功能，对于一些因免疫功能紊乱引起的口腔溃疡有一定的治疗作用。但它需要在医生的指导下使用，比如对于反复发生口腔溃疡且免疫功能低下的患者，医生会根据具体情况判断是否使用，一般成人一次10 - 20毫升，一天1 - 2次，儿童用量需按体重等因素调整。胸腺肽肠溶片：它能增强免疫细胞的活性，提高机体的免疫功能，适用于免疫功能受损导致口腔溃疡反复发作的患者，服用时要遵循医生的嘱咐，一般成人一次5 - 30毫克，一天1 - 3次，儿童用药需格外谨慎，要根据年龄和体重等情况调整剂量。