治疗口腔溃疡的药物有多种，常见的局部用药如西瓜霜喷剂，一般喷后几分钟就能起到一定的止痛、促进愈合作用。
局部外用药物
含漱剂：氯己定含漱液是比较常用的，它能抑制口腔内细菌生长，帮助清洁口腔，一般一天含漱2 - 3次，每次含漱10 - 30秒左右。口腔溃疡散：这也是常用的局部药，直接撒在溃疡面上，能起到消肿止痛、促进溃疡愈合的作用，使用时要注意避免接触眼睛等敏感部位。
促进愈合类药物
重组人表皮生长因子凝胶：它可以促进口腔黏膜上皮细胞的增殖、迁移，加快溃疡面的愈合。一般是清洁口腔后，取适量凝胶涂抹在溃疡处，一天使用数次。维生素B2片：如果是因缺乏维生素B2引起的口腔溃疡，可以将维生素B2片研成粉末，涂在溃疡面上，能辅助促进愈合，但要注意不能过量使用。
止痛类药物
利多卡因凝胶：对于疼痛比较剧烈的口腔溃疡，可在进食前使用利多卡因凝胶涂抹在溃疡处，能起到暂时止痛的效果，不过不能频繁使用，以免产生依赖。苯佐卡因凝胶：同样有止痛作用，涂抹后能快速缓解口腔溃疡带来的疼痛，但也不建议长期大量使用。
补充维生素类药物
复合维生素B：如果是由于身体缺乏多种维生素导致的口腔溃疡，可以服用复合维生素B，它能补充身体所需的多种维生素，一般按照说明书服用即可。但要注意，不能过量服用，长期大量服用可能会有不良反应。