运动神经元病导致的腓总神经损伤，可通过多种方式处理。一般来说，首先要针对运动神经元病本身进行综合管理，同时针对腓总神经损伤采取相应措施。
康复治疗方面
物理治疗： 可以进行低频电刺激等物理治疗方法，促进神经的恢复。一般建议每周进行2 - 3次物理治疗，持续数周甚至数月，具体要根据患者的病情严重程度来调整。运动疗法： 进行针对性的肌肉力量训练和关节活动度训练。比如进行踝关节的背伸、跖屈等主动或被动运动，每天可进行3 - 4次，每次15 - 20分钟，有助于维持肌肉功能，防止肌肉萎缩进一步加重。
药物辅助方面
神经营养药物： 常用的有维生素B12等神经营养药物。维生素B12可以参与神经系统的代谢，对神经的修复有一定帮助，但要在医生的指导下使用，一般是通过肌肉注射或口服的方式给药。不过对于运动神经元病相关的神经损伤，药物治疗只能起到辅助作用，不能单纯依赖药物来解决问题。
日常护理方面
佩戴支具： 可以佩戴足托等支具，防止足下垂等情况的发生。足托一般需要根据患者的脚部尺寸定制，价格大概在几百元不等，佩戴支具可以帮助维持脚部的正常姿势，避免因为神经损伤导致的脚部畸形进一步发展。避免压迫： 要注意避免腓总神经部位受到压迫，比如避免长时间盘腿坐等不良姿势，防止加重神经损伤的情况。