腓总神经运动损伤的治疗方法需根据损伤程度等因素来定。一般来说，轻度的腓总神经运动损伤可以通过保守治疗等方式来处理，而中重度可能需要手术等干预。
保守治疗方法
物理治疗： 早期可进行冷敷，一般在损伤后的24~48小时内，每次冷敷15~20分钟，每天3~4次，有助于减轻肿胀和疼痛。后期可以进行热敷，促进血液循环，帮助神经恢复。还可以通过按摩来缓解局部肌肉的紧张，按摩时力度要适中，每天可进行2~3次，每次10~15分钟。药物辅助： 可以使用神经营养药物，比如维生素B12等，它能够参与神经细胞的代谢，对神经的修复有一定帮助。不过药物使用需在医生指导下进行，不能自行随意用药。
手术治疗情况
手术指征： 当腓总神经运动损伤比较严重，如出现明显的神经断裂等情况时，通常需要进行手术治疗。一般是通过手术来修复受损的神经，恢复神经的连续性。手术时机也很关键，一般建议在损伤后尽快评估，若符合手术条件应尽早进行手术，以提高神经恢复的几率。术后康复： 手术后需要进行康复训练来促进神经功能的恢复。术后2~3周可以开始进行一些简单的肌肉收缩训练，比如踝关节的背伸、跖屈等动作的小范围练习，每次练习10~15次，每天3~4次。随着恢复情况逐渐增加训练强度和范围。
康复训练要点
踝关节活动训练： 患者可以自己进行踝关节的主动屈伸运动，每天练习3~4次，每次活动10~20下。也可以在他人帮助下进行被动的踝关节活动，增加活动范围。同时还可以进行小腿肌肉的拉伸训练，比如坐在椅子上，将患侧腿伸直，用毛巾等辅助工具牵拉脚趾，向身体方向拉，每次保持15~30秒，每天进行3~4次。步态训练： 在神经恢复到一定程度后，可进行步态训练。开始时可以在平行杠内进行练习，由康复治疗师辅助，逐步学习正确的步行姿势，先练习缓慢步行，逐渐增加步行速度和距离，一般每周可以增加一定的步行量，比如每周增加50~100米的步行距离。