甲状腺功能减退最常见的原因是自身免疫性甲状腺炎，约占全部原发性甲减病因的90%左右。
自身免疫性甲状腺炎相关原因
桥本甲状腺炎：这是最常见的自身免疫性甲状腺炎类型。人体免疫系统错误地攻击甲状腺组织，导致甲状腺滤泡细胞受损，甲状腺激素合成和分泌减少。通常在30 - 50岁人群中较为多见，女性发病几率高于男性。患者体内会存在甲状腺过氧化物酶抗体（TPOAb）、甲状腺球蛋白抗体（TgAb）等自身抗体升高的情况。萎缩性甲状腺炎：也是自身免疫性甲状腺炎的一种。同样是自身免疫机制导致甲状腺组织逐渐萎缩，功能减退。患者甲状腺体积缩小，甲状腺功能检查显示甲状腺激素水平降低，促甲状腺激素（TSH）升高。
医源性因素导致
甲状腺手术：当因甲状腺结节、甲状腺癌等疾病进行甲状腺大部分或全部切除术后，剩余的甲状腺组织不能满足身体对甲状腺激素的需求，就容易引发甲状腺功能减退。一般在术后数月至数年可能逐渐出现甲减症状，尤其是甲状腺全切的患者，几乎100%会发生甲减，需要终身补充甲状腺激素。放射性碘治疗：用于治疗甲状腺功能亢进症时，如果放射性碘剂量掌握不当，或者患者本身甲状腺对放射性碘敏感，就可能导致甲状腺组织受到过度破坏，甲状腺激素分泌不足，从而引发甲状腺功能减退。通常在放射性碘治疗后数月到数年逐渐出现甲减表现，部分患者可能在治疗后短期内就出现甲减。
药物相关原因
含碘药物：长期大量服用含碘的药物，如胺碘酮等。碘是合成甲状腺激素的原料，过多的碘摄入有时会影响甲状腺激素的正常合成与调节。对于本身有甲状腺疾病易感性的人群，可能会诱发甲状腺功能减退。例如长期服用胺碘酮的患者中，约有15% - 20%会出现甲状腺功能减退。抗甲状腺药物：在治疗甲状腺功能亢进时，如甲巯咪唑、丙硫氧嘧啶等抗甲状腺药物使用剂量过大，或者患者个体差异对药物敏感，可能会过度抑制甲状腺激素的合成，导致甲状腺功能减退。一般在调整药物剂量或停药后，部分患者的甲状腺功能可能会逐渐恢复，但也有部分患者会发展为永久性甲减。