甲状腺功能减退的原因有多种。其中，自身免疫性疾病是常见原因之一，像桥本甲状腺炎，约占所有甲状腺功能减退病因的90%左右。
自身免疫因素
自身免疫性甲状腺炎： 比如桥本甲状腺炎，是由于自身免疫系统错误地攻击甲状腺组织，导致甲状腺滤泡细胞受损，甲状腺激素合成和分泌减少。患者体内会产生针对甲状腺的抗体，如甲状腺过氧化物酶抗体（TPOAb）和甲状腺球蛋白抗体（TgAb），这些抗体水平升高提示存在自身免疫攻击甲状腺的情况。产后自身免疫变化： 部分女性在产后容易出现甲状腺功能减退，这与产后自身免疫状态的变化有关。妊娠期间免疫系统会有一定调整，产后免疫系统恢复过程中可能引发自身免疫性甲状腺炎，从而导致甲状腺功能减退。
甲状腺手术因素
甲状腺切除术后： 如果因为甲状腺良性疾病（如甲状腺腺瘤、结节性甲状腺肿等）或者恶性肿瘤进行了甲状腺大部分或全部切除手术，术后甲状腺组织减少，合成甲状腺激素的能力下降，就会引发甲状腺功能减退。一般来说，甲状腺切除范围越大，发生甲状腺功能减退的概率越高。例如，甲状腺全部切除后，几乎100%会出现甲状腺功能减退，需要终身补充甲状腺激素。
放射性碘治疗因素
放射性碘治疗后： 对于甲状腺功能亢进症患者，放射性碘治疗是一种常见的治疗方法。放射性碘被甲状腺摄取后，会破坏甲状腺滤泡细胞，导致甲状腺激素释放减少，进而引起甲状腺功能减退。通常在放射性碘治疗后数月至数年可能逐渐出现甲状腺功能减退，而且随着时间推移，发生甲状腺功能减退的几率会逐渐增加。比如，放射性碘治疗后1年内约有10% - 20%的患者出现甲状腺功能减退，5年后约50%，10年后可能高达70% - 80%。