甲状腺功能减退的原因有多种。其中，自身免疫性疾病是常见原因之一，比如桥本甲状腺炎，约占原发性甲减病因的85%左右。
自身免疫因素：自身免疫性甲状腺炎
自身免疫性甲状腺炎包括桥本甲状腺炎等。人体免疫系统错误地攻击甲状腺组织，导致甲状腺细胞受损，影响甲状腺激素的合成和分泌。例如，遗传因素可能使某些人更容易发生自身免疫反应攻击甲状腺，从而引发甲状腺功能减退。
甲状腺手术或放射性碘治疗：甲状腺手术
部分甲状腺疾病患者需要进行甲状腺手术，若手术中切除甲状腺组织过多，就会导致甲状腺激素分泌不足，引发甲减。一般来说，甲状腺全切手术导致甲减的概率相对较高。放射性碘治疗用于治疗甲状腺功能亢进的放射性碘治疗，如果剂量掌握不当，可能会过度破坏甲状腺组织，使甲状腺激素分泌减少，进而引起甲状腺功能减退。
垂体或下丘脑病变：垂体病变
垂体能够分泌促甲状腺激素（TSH），如果垂体发生病变，如垂体肿瘤、垂体炎症等，会影响促甲状腺激素的分泌，进而影响甲状腺激素的合成。例如，垂体肿瘤可能会压迫正常垂体组织，导致促甲状腺激素分泌减少，使得甲状腺功能减退。下丘脑病变下丘脑会分泌促甲状腺激素释放激素（TRH），下丘脑病变会使TRH分泌不足，从而影响垂体分泌促甲状腺激素，最终导致甲状腺激素分泌减少，引发甲状腺功能减退。