治疗灰指甲效果较好的药物主要有外用药物和口服药物。一般来说，外用抗真菌药物如阿莫罗芬搽剂，通常需要连续使用几个月，大概3-6个月左右能看到一定效果。
外用抗真菌药物
阿莫罗芬搽剂：它是局部外用的抗真菌药，通过抑制真菌细胞膜麦角固醇的合成，从而发挥抗真菌作用。使用时要先清洁病甲，然后将搽剂均匀涂抹在病甲上，每周使用1-2次。不过，它对于较严重的灰指甲效果可能相对慢一些，而且指甲生长比较缓慢，所以需要坚持使用。环吡酮胺乳膏：也可用于灰指甲的外用治疗，能渗入真菌细胞膜，改变细胞膜的完整性，影响真菌的代谢。使用时同样要先处理病甲，然后涂抹药膏覆盖病甲及周围皮肤，一天使用1-2次。但外用药物的吸收相对有限，对于病情较重、病甲较多的情况，单独使用外用药物可能效果不佳。
口服抗真菌药物
伊曲康唑：是一种合成的三氮唑类广谱抗真菌药，它可以干扰真菌细胞色素P450的活性，影响真菌细胞膜合成，从而发挥抗菌作用。一般采用冲击疗法，即连续服用1周，停药3周为一个疗程，需要根据指甲生长情况确定疗程数，通常手指甲灰指甲需要2-3个疗程，脚趾甲灰指甲可能需要3-4个疗程。不过，使用伊曲康唑前需要检查肝功能，因为它可能会对肝脏有一定影响。特比萘芬：是一种烯丙胺类抗真菌药物，能特异性地抑制真菌角鲨烯环氧化酶，影响真菌细胞膜的合成。口服特比萘芬吸收较好，对于灰指甲的治疗，手指甲灰指甲一般需要服用6-12周，脚趾甲灰指甲需要12-16周。它的安全性相对较高，但也有少数人可能会出现胃肠道不适等不良反应。
综合治疗情况
在治疗灰指甲时，有时候也会采取外用和口服药物联合治疗的方式，以提高疗效。比如先外用一段时间的抗真菌药物软化病甲，然后再配合口服药物，这样可能会加快康复速度。同时，治疗过程中要注意保持足部或手部的清洁干燥，避免再次感染真菌，比如不要穿不透气的鞋子，勤换袜子等。而且不同的人对药物的反应可能不同，所以具体选择哪种药物以及治疗方案，需要在医生的指导下根据个人的具体情况来决定。