肛周脓肿形成的主要原因是肛腺感染，约90%的肛周脓肿由肛腺感染引起。肛腺开口于肛管直肠交界处的肛窦处，肛窦易受粪便损伤而引发感染，感染可蔓延至肛腺，导致肛腺炎，炎症进一步向周围组织扩散就形成了肛周脓肿。
肛腺感染相关因素
肛窦损伤： 粪便中的异物、粗糙粪便等容易损伤肛窦，据统计，约有80%的肛周脓肿患者存在不同程度的肛窦损伤情况。比如长期便秘的人，排便时粪便过硬，更容易擦伤肛窦，从而增加肛腺感染风险。肛腺堵塞： 肛腺分泌的液体起到润滑肛管的作用，但如果肛腺导管被堵塞，分泌液无法正常排出，就为细菌滋生创造了条件，细菌在腺体内繁殖，引发感染，进而可能发展为肛周脓肿。
身体免疫力因素
免疫力低下人群： 像糖尿病患者，由于血糖控制不佳，身体的免疫力会受到影响，据研究，糖尿病患者发生肛周脓肿的概率比正常人高2~5倍。因为高血糖环境有利于细菌生长繁殖，而且患者自身的抗感染能力减弱，使得感染容易扩散形成脓肿。长期使用免疫抑制剂者： 一些接受器官移植后需要长期服用免疫抑制剂的患者，他们的机体免疫功能被抑制，对细菌等病原体的抵御能力下降，也更容易患上肛周脓肿。例如，肾移植术后长期服用免疫抑制剂的患者，肛周脓肿的发生率明显高于普通人。
其他相关因素
肛周局部损伤： 肛门部位受到外伤，如被异物戳伤、肛门部位手术操作后的感染等，都可能导致肛周组织感染，进而形成脓肿。比如肛门部位进行过有创检查后，如果消毒不彻底，就容易引发感染，最终发展为肛周脓肿。肛周皮肤病影响： 患有肛周湿疹、肛周银屑病等皮肤病时，皮肤的屏障功能受损，皮肤的完整性被破坏，细菌等病原体更容易侵入肛周组织，引发感染形成脓肿。有资料显示，约15%的肛周脓肿患者同时伴有肛周皮肤病。