肛肛周脓肿形成的原因主要与肛腺感染、肛管直肠损伤等因素有关。据临床研究，约90%的肛肛周脓肿是由肛腺感染引起的。
肛腺感染导致
肛腺阻塞： 肛腺开口于肛管直肠交界处的肛窦处，肛窦易受粪便损伤而感染，进而累及肛腺。当肛腺导管因炎症等原因发生阻塞时，腺体内的分泌物无法排出，就会引发感染。比如，长期便秘的人，粪便容易擦伤肛窦，增加肛腺感染的风险。感染蔓延： 肛腺感染后，炎症会向周围组织蔓延。感染可沿着肛管直肠周围的间隙扩散，因为这些间隙内含有疏松的结缔组织，容易让感染扩散。例如，感染向上可蔓延至直肠周围间隙，向下可波及肛周皮下间隙等。
肛管直肠损伤引发
外伤损伤： 肛管直肠受到外伤，如异物损伤、吞咽骨头或其他尖锐物体损伤肛管直肠，会使细菌侵入伤口引发感染。比如，有人不小心被尖锐的鱼骨划伤肛管，就可能导致肛肛周脓肿。医源性损伤： 在医疗操作过程中也可能出现肛管直肠损伤引发感染。如肠镜检查时操作不当，可能损伤肛管直肠黏膜，从而引起感染形成肛肛周脓肿。另外，痔疮手术等肛肠手术，如果操作不规范，也有导致感染进而形成肛肛周脓肿的可能。
全身抵抗力下降因素
营养不良： 长期营养不良的人，身体的抵抗力会下降。比如一些贫困地区的儿童，由于饮食中缺乏足够的蛋白质、维生素等营养物质，身体抵抗力较弱，更容易受到细菌感染，从而增加肛肛周脓肿的发生几率。患有全身性疾病： 患有糖尿病等全身性疾病的人，机体的免疫功能会受到影响。糖尿病患者血糖控制不佳时，白细胞的吞噬功能下降，身体抵御细菌感染的能力减弱，容易发生肛肛周脓肿。而且一旦发生肛肛周脓肿，病情往往较难控制，恢复也比较缓慢。