肛周脓肿主要是肛腺感染引起的，约90%的肛周脓肿是由肛腺阻塞感染导致。
肛腺感染引发
肛腺位置： 肛腺位于肛管直肠周围，开口在肛窦处。肛窦容易残留粪便，当粪便进入肛窦后，就可能引起肛腺感染。比如，长期便秘的人，粪便干结容易划伤肛窦，增加感染肛腺的风险。感染扩散： 肛腺感染后会向周围组织蔓延，因为肛管直肠周围的间隙疏松，感染容易扩散形成脓肿。如果感染未能及时控制，炎症会不断加重，形成局限性的脓肿。
肛周皮肤感染导致
皮肤损伤因素： 肛周皮肤破损后，细菌容易侵入。像肛周皮肤长湿疹时，患者会忍不住搔抓，抓破皮肤就为细菌入侵创造了条件。另外，腹泻时频繁擦拭肛门，也可能损伤肛周皮肤，引发感染进而形成脓肿。细菌入侵途径： 常见的引起肛周皮肤感染的细菌有大肠杆菌、金黄色葡萄球菌等。这些细菌从破损的皮肤处进入肛周组织，引发炎症反应，随着炎症的发展，就可能形成肛周脓肿。
身体免疫力低下相关
免疫力低下人群： 糖尿病患者由于血糖控制不佳，身体抵抗力下降，容易受到细菌感染，包括肛周感染。据统计，约有10% - 20%的糖尿病患者可能会发生肛周脓肿。还有长期使用免疫抑制剂的人，比如器官移植后需要服用免疫抑制剂来防止排斥反应的患者，他们的免疫力受到抑制，也更容易患上肛周脓肿。免疫力低下的影响： 当身体免疫力低下时，对细菌的清除能力减弱，肛腺感染或者皮肤感染后，炎症难以被及时控制，就容易发展为肛周脓肿。所以，免疫力低下的人群要特别注意保持肛周清洁，积极控制基础疾病，以降低患病风险。