肛周脓肿主要是肛腺感染引起的，约90%的肛周脓肿由肛腺阻塞感染所致。肛腺开口于直肠肛窦，当粪便干结等原因导致肛窦损伤时，细菌就容易侵入肛腺，引发肛腺炎，炎症蔓延至肛周间隙就形成肛周脓肿。
肛腺感染相关因素
肛窦损伤： 比如长期腹泻、便秘，粪便容易刺激肛窦，导致肛窦损伤，进而让细菌有可乘之机侵入肛腺。据统计，约85%的肛周脓肿患者存在不同程度的肛窦损伤情况。肛腺阻塞： 肛腺分泌的液体如果排出不畅，就会造成肛腺阻塞，分泌物积聚在腺体内，为细菌繁殖创造了有利环境，从而引发感染形成脓肿。
身体免疫力因素
免疫力低下人群： 像糖尿病患者，由于血糖控制不佳，身体的免疫力会受到影响，更容易受到细菌感染，发生肛周脓肿的风险比正常人高2~3倍。还有长期服用免疫抑制剂的人，他们的免疫系统功能被抑制，抵御细菌的能力下降，也容易患上肛周脓肿。婴幼儿群体： 婴幼儿的免疫系统还不完善，自身抵抗力较弱，肛周皮肤娇嫩，容易受到细菌侵袭，也是肛周脓肿的高发人群之一。
其他局部因素
肛门周围皮肤感染： 肛门周围皮肤如果有疖、痈等感染病灶，细菌可能会蔓延至肛周间隙，引发肛周脓肿。例如，肛门周围皮肤长了一个小疖肿，如果没有及时处理，细菌扩散就可能导致肛周脓肿的形成。肛管直肠损伤： 如进行肛门直肠镜检查、灌肠等操作时，如果不小心造成肛管直肠损伤，细菌就有可能从损伤处侵入肛周组织，引发感染形成脓肿。