黑米本身并无绝对不能一起吃的食物，但在搭配时需注意一些情况。一般来说，黑米不宜与富含单宁的食物大量同食，因为单宁会影响黑米中营养成分的吸收。
与高纤维食物过量搭配需留意
高纤维蔬菜搭配： 比如大量的芹菜、韭菜等。黑米本身消化相对较慢，若同时摄入过多高纤维蔬菜，可能会加重胃肠负担。正常饮食中，黑米与高纤维蔬菜搭配，每餐黑米食用量控制在50 - 100克左右，高纤维蔬菜每餐200克以内较为合适，过量就可能引起消化不良等问题。高纤维谷物搭配： 像糙米、燕麦等。如果黑米和这些高纤维谷物一起大量食用，比如一顿饭黑米搭配糙米、燕麦总量超过200克，就容易导致胃肠蠕动加快，出现腹胀、腹痛等不适情况。
与某些药物同服需谨慎
四环素类药物： 黑米中的某些成分可能会与四环素类药物结合，形成难以溶解的复合物，从而影响药物的吸收，降低药效。所以在服用四环素类药物（如土霉素等）前后2 - 3小时内，最好不要食用黑米。铁剂药物： 黑米中的植酸等成分会与铁剂结合，影响人体对铁的吸收。如果正在服用铁剂药物治疗缺铁性贫血等疾病，那么在服用铁剂期间，尽量避免大量食用黑米，可间隔2小时以上食用。
与某些水果搭配要注意
葡萄： 葡萄中含有较多的鞣酸，黑米与葡萄一起大量食用时，鞣酸可能会与黑米中的蛋白质结合，形成不易消化的物质。一般建议黑米和葡萄分开食用，间隔1小时以上，单次黑米食用量保持在合理范围，葡萄每次食用量不超过100克为宜。柿子： 柿子中含有较多的鞣酸和果胶，黑米与柿子同食过多时，容易在胃内形成结石。所以要避免黑米和柿子大量同时食用，比如一天内黑米和柿子都大量摄入，就可能增加胃结石的风险，正常饮食中可以偶尔少量搭配，但不要频繁且大量同食。