结核性腹膜炎的治疗主要是抗结核化学药物治疗，一般需要规范用药6~9个月。
抗结核药物治疗
常用药物： 异烟肼、利福平、吡嗪酰胺、乙胺丁醇等是治疗结核性腹膜炎的常用抗结核药物。这些药物通过不同机制抑制结核杆菌生长繁殖。例如异烟肼能抑制结核杆菌细胞壁的合成；利福平可抑制细菌RNA聚合酶，阻碍mRNA合成。用药原则： 要遵循早期、联合、适量、规律和全程的原则。早期用药可使病变处于萌芽状态，利于控制病情；联合用药能发挥药物协同作用，减少耐药菌产生；适量用药是根据患者体重等情况给予合适剂量，保证疗效又减少不良反应；规律用药能维持稳定血药浓度，彻底杀灭病菌；全程用药则是保证治疗彻底，防止复发。
对症治疗
腹水治疗： 若患者有大量腹水，可适当放腹水缓解症状，但一次放腹水不宜过多，一般每次放腹水不超过1000毫升。对于粘连型或干酪型患者，在放腹水后可腹腔内注射糖皮质激素，如地塞米松等，不过要注意可能出现的不良反应，如引起继发感染等。腹痛治疗： 如腹痛较剧烈，可适当使用止痛药物，比如布洛芬等非甾体抗炎药，但要注意其可能对胃肠道的刺激等不良反应，有溃疡病史的患者要谨慎使用。
手术治疗
手术指征： 当出现完全性肠梗阻、急性肠穿孔，或腹腔脓肿经抗生素治疗无效时，需要考虑手术治疗。例如完全性肠梗阻患者，药物治疗无法缓解梗阻情况，就需通过手术解除梗阻；急性肠穿孔会导致严重腹膜炎，也需手术修补穿孔等。术后注意： 手术后仍需继续抗结核治疗，一般要维持6个月以上，同时要密切观察患者术后恢复情况，包括伤口愈合、腹腔内有无再次粘连等情况，加强营养支持等。
一般支持治疗
营养支持： 患者要摄入足够的蛋白质、热量和维生素等营养物质。蛋白质可选择瘦肉、鱼类、蛋类、豆类等；热量可通过米饭、面食等主食来提供；维生素丰富的食物有新鲜蔬菜和水果等。一般每天要保证蛋白质摄入量在1~1.5克/千克体重左右，热量摄入要满足基础代谢及疾病消耗的需求。休息与活动： 患者在病情活动期要注意休息，减少体力消耗，但病情稳定后可适当进行一些轻度活动，如散步等，每次活动时间不宜过长，以不感到疲劳为宜，逐渐增强体质。