扁桃体结石可以通过多种方式改善，较小的结石可通过日常口腔清洁来处理，较大或反复出现的可能需要就医处理。
日常自我护理
保持口腔清洁： 每天至少刷牙2次，使用含抗菌成分的漱口水有助于减少口腔细菌，降低扁桃体结石形成的几率。每次漱口时间最好持续30秒左右，让漱口水能充分接触扁桃体部位。使用棉签清理： 对于比较小且位置较浅的结石，可在饭后用干净的棉签轻轻尝试清理，但动作一定要轻柔，避免损伤扁桃体组织。
医疗专业处理
医生手动取出： 当结石较大或反复出现让患者感觉不适时，医生会在诊室进行操作。医生会用镊子等工具将结石直接取出，这个过程一般不会很痛苦，但患者要尽量放松配合。激光治疗： 对于经常复发扁桃体结石的情况，激光治疗也是一种选择。激光可以破坏扁桃体隐窝，减少结石再次形成的可能，但术后需要注意口腔护理，一般1 - 2周内要避免食用刺激性食物。
手术治疗情况
扁桃体切除术： 如果扁桃体结石非常严重，频繁发作且通过上述方法都无法改善，医生可能会建议做扁桃体切除手术。不过这种情况比较少用，一般是在其他治疗方法都无效时才会考虑，术后要按照医生要求进行伤口护理，通常1个月左右能基本恢复。