一般肝功能异常的原因有多种。比如病毒性肝炎就比较常见，像乙型肝炎病毒、丙型肝炎病毒等感染，大约有10% - 20%的慢性乙型肝炎患者可能会逐渐出现肝功能异常情况。
一、感染因素引起
病毒性肝炎： 除了刚才提到的乙肝、丙肝，甲肝病毒感染也可能导致肝功能异常，一般甲肝是急性发病，通过消化道传播，感染后数周内可能出现乏力、黄疸等肝功能异常表现。还有EB病毒、巨细胞病毒等感染也能引起肝功能损伤，比如巨细胞病毒感染在婴幼儿中较常见，可导致肝功能指标异常。细菌感染： 一些严重的细菌感染，像败血症，细菌产生的毒素等会影响肝脏功能，使得肝功能检查中的转氨酶等指标升高。
二、药物或毒物因素
药物性肝损伤： 有很多药物都可能引起肝功能异常，比如抗结核药异烟肼，大约有1% - 10%服用异烟肼的患者会出现不同程度的肝功能损害；还有降脂药他汀类药物，个别患者服用后会出现转氨酶升高的情况，一般在用药后的3个月内要密切监测肝功能。毒物接触： 长期接触某些毒物也会伤肝，像黄曲霉毒素，它是一种强致癌物，常存在于霉变的花生、玉米中，长期少量摄入可能逐渐损害肝脏，引起肝功能异常；四氯化碳等工业毒物接触后也会对肝脏造成急性或慢性损伤。
三、自身免疫性因素
自身免疫性肝炎： 这是一种由自身免疫反应介导的慢性进行性肝脏炎症性疾病，多发于女性，发病年龄在10 - 30岁和40 - 60岁有两个高峰，患者体内会产生针对自身肝脏细胞的抗体，攻击肝脏，导致肝功能持续异常，如转氨酶持续升高、球蛋白升高等。原发性胆汁性胆管炎： 主要是机体的自身免疫反应攻击胆管，导致胆管破坏，胆汁淤积，进而影响肝脏功能，多见于中年女性，会出现瘙痒、黄疸等症状，肝功能检查中碱性磷酸酶等指标会明显升高。