肛窦炎的药物治疗主要包括局部用药和全身用药。一般来说，局部用药较为常用。
局部用药方面
栓剂类：
痔疮栓等： 部分痔疮栓具有一定的抗炎作用，可用于肛窦炎的局部治疗。使用时将栓剂塞入肛门内，药物可直接作用于肛窦部位，起到消炎、消肿等作用。一般每天使用1 - 2次，具体使用频次需遵医嘱。
洗剂类：
中药洗剂： 比如用苦参汤等中药洗剂进行坐浴，能起到清热燥湿、消肿止痛的作用。坐浴时水温不宜过高，一般控制在40 - 50℃左右，每次坐浴15 - 20分钟，每天可坐浴1 - 2次。还可以使用高锰酸钾溶液坐浴，浓度一般为1:5000，同样是坐浴15 - 20分钟，每天1 - 2次，但要注意高锰酸钾溶液的浓度调配准确，浓度过高可能会刺激肛门周围皮肤。
全身用药方面
抗生素类：
头孢类抗生素： 当肛窦炎伴有细菌感染时，可能会使用头孢类抗生素，如头孢拉定等。不过使用头孢类抗生素前需要确认患者没有头孢类药物过敏史。一般根据病情的严重程度来决定用药剂量和疗程，轻度感染可能口服给药，重度感染可能需要静脉给药。
清热利湿类中成药：
黄连上清丸等： 这类中成药具有清热利湿的作用，对于肛窦炎有一定的辅助治疗作用。一般按照说明书规定的剂量服用，成人常用量一次6克，一日2次，但具体用量还需根据个体情况由医生调整。在药物治疗肛窦炎时，需要注意，如果是儿童患者，使用药物要更加谨慎，比如一些抗生素的使用需要严格按照儿童的体重等情况来计算剂量。同时，在用药过程中要观察药物的不良反应，如果出现过敏等不适症状应立即停药并就医。而且药物治疗只是肛窦炎治疗的一部分，在用药的同时，还需要注意保持肛门局部的清洁卫生，避免食用辛辣、刺激性食物等，以提高治疗效果。