无痛胃镜相对安全，但也可能存在一些副作用。一般来说，无痛胃镜的副作用发生率较低，大约在1%~2%左右。
麻醉相关副作用
药物过敏反应： 少数人可能对无痛胃镜所用的麻醉药物过敏，轻者可能出现皮疹、瘙痒等症状，严重的可能引发过敏性休克，不过这种情况非常罕见。呼吸抑制风险： 在麻醉过程中，极少数人可能出现呼吸频率减慢或呼吸暂停的情况，但在正规操作下，医生会密切监测，及时处理，发生概率极低。
检查后的不适反应
咽喉部不适： 检查后可能会感觉咽喉部有轻微的疼痛、异物感，一般1~2天会自行缓解。这是因为检查时胃镜通过咽喉部造成了一定的刺激。头晕乏力： 由于麻醉药物的残留作用，部分人在检查后短时间内会有头晕、乏力的感觉，通常休息2~4小时后可逐渐恢复正常。
个体差异带来的特殊情况
心血管系统影响： 对于本身有心血管疾病的患者，无痛胃镜使用麻醉药物可能会对心血管系统产生一定影响，比如引起血压波动、心率变化等，但在检查前医生会对患者的心血管状况进行评估，采取相应措施来降低风险。肠道刺激反应： 个别人在检查后可能会出现短暂的恶心、呕吐等肠道刺激症状，一般通过适当休息和调整即可缓解。