雀斑样痣的发病原因目前尚未完全明确，一般认为可能与遗传因素有关，有研究显示部分雀斑样痣患者存在一定的家族遗传倾向。
遗传因素相关情况
基因层面关联： 目前发现某些特定基因的突变可能与雀斑样痣的发生有关。比如一些参与黑色素细胞发育、分化相关的基因出现异常变化时，就可能导致雀斑样痣的形成。不过具体是哪些基因以及如何通过基因影响雀斑样痣的发生，还在进一步的研究探索中。家族聚集现象： 如果家族中有亲属患有雀斑样痣，那么家族中其他人患雀斑样痣的风险可能会相对增高。但这并不是绝对的，只是存在一定的遗传易感性。
发育过程中的影响
胚胎发育阶段： 在胚胎发育的早期，黑色素细胞的迁移、增殖等过程出现异常，就有可能导致雀斑样痣的产生。例如在胚胎发育到一定时期，黑色素细胞应该迁移到正确的位置并进行正常的分化，但如果这个过程受到干扰，就可能形成异常的色素沉着表现为雀斑样痣。环境与发育交互： 虽然主要因素是遗传相关的发育异常，但在胚胎发育过程中一些外界环境因素的轻微干扰，也可能会加重这种基因相关的发育异常，从而促使雀斑样痣的出现。不过目前对于环境因素具体如何与发育过程相互作用导致雀斑样痣的研究还在持续进行。
其他可能相关因素
内分泌因素： 有研究发现，体内激素水平的变化可能对雀斑样痣的发生有一定影响。比如在青春期、妊娠期等激素水平波动较大的时期，部分人雀斑样痣可能会有颜色加深、数量增多等变化，但这只是一种相关性观察，具体的作用机制还不十分清晰。紫外线暴露： 长期紫外线暴露可能会使已有的雀斑样痣颜色加深、表现更明显，但一般认为紫外线暴露不是导致雀斑样痣发生的根本原因，而是可能会影响其外观的明显程度。不过对于有雀斑样痣的人群来说，还是要注意避免过度紫外线暴露，以减少对其外观的不良影响。