怀孕3个月肚子疼可能由宫外孕、先兆流产引发，需及时就医对症治疗。具体如下：
一、宫外孕：即孕卵在子宫腔外着床发育的异常妊娠过程。通常有腹痛、阴道出血等表现，重症可致休克危及生命。治疗方面：
1.可通过口服药物如米非司酮、米索前列醇、甲氨蝶呤等来缓解改善，这些药物必须在医生指导下使用，不可擅自服用。
2.药物治疗无效时，以手术治疗为主。
二、先兆流产：指妊娠28周以前，孕妇出现流产征兆但尚未构成流产的状态。一般表现为阴道出血、腹痛或腰背痛等症状。可通过口服药物如地屈孕酮、黄体酮、烯丙雌醇等来缓解改善，同样应在医生指导下使用，不可擅自服用。
此外，也可能是生理性肚子疼，比如子宫增大拉扯周围韧带导致肚子疼，这类肚子疼主要在起身、弯腰等姿势改变时发生，孕妇身体其他部位韧带拉伸也可能引起肚子疼，这属于正常现象。若出现严重症状，应及时就医检查对症治疗。
总结：怀孕3个月肚子疼的原因多样，包括宫外孕、先兆流产和生理性原因等，要根据具体情况采取相应的治疗措施，必要时及时就医。