吃一次紧急避孕药一般不会造成严重且不可逆的危害，但可能会有一些短期影响。比如，可能会导致月经周期的改变，约有10%的女性服用后会出现月经提前或推迟，提前或推迟一周左右相对常见。
对月经的影响
月经提前： 服用紧急避孕药后，体内激素水平骤变，可能打乱正常的月经节律，使子宫内膜提前脱落，导致月经提前到来。不过这种提前一般不会超过正常月经周期的波动范围太多。月经推迟： 也有部分女性服药后月经会推迟，若推迟超过一周，且有性生活史，需要首先排除怀孕的可能，因为紧急避孕药并不是100%避孕成功的，其避孕有效率约为80% - 85%左右。
对内分泌的影响
激素波动： 紧急避孕药主要成分是孕激素，服用后会使体内孕激素水平短时间内大幅升高，然后迅速下降，这种剧烈的激素波动可能会影响内分泌系统的正常调节。一般来说，这种激素波动在停药后1 - 2个月会逐渐恢复正常，但个别人群可能恢复时间稍长一些。短期不适： 部分女性可能在服药后出现恶心、呕吐、头晕等类似早孕反应的症状，这也是因为激素变化引起的，通常这些症状会在24小时内缓解。
对健康的长期潜在影响
一般影响较小： 目前大量的医学研究表明，偶尔吃一次紧急避孕药，通常不会对女性的长期健康造成严重的、不可逆的损害。比如，不会明显增加患子宫肌瘤、卵巢癌等疾病的风险。但需要注意的是，不能把紧急避孕药当作常规的避孕方法频繁使用，因为频繁使用可能会加重激素紊乱的程度，对月经和内分泌的影响会更明显。特殊人群需谨慎： 对于有肝脏疾病、心血管疾病等基础疾病的女性，吃紧急避孕药可能会对身体产生更大的影响，这类女性在使用前最好先咨询医生的意见，评估用药风险。