克罗恩病的病因目前尚未完全明确，可能与多种因素相关。目前认为遗传因素在其中起到重要作用，据研究，约10% - 20%的克罗恩病患者有家族史，亲属患病风险比普通人群高。
遗传因素方面
基因易感性： 已有研究发现一些基因的突变与克罗恩病的发病相关，比如NOD2/CARD15基因等，这些基因的异常可能影响肠道的免疫反应等功能，增加患病风险。家族聚集性： 如果家族中有亲属患有克罗恩病，那么其他家庭成员患该病的几率比无家族史的人群要高一些，而且亲属中患病的人数越多，风险可能越高。
免疫因素方面
肠道免疫失衡： 人体的免疫系统在肠道内起着重要作用，在克罗恩病患者体内，免疫系统会出现异常反应。肠道中的免疫细胞可能会错误地攻击肠道自身的组织，导致肠道持续的炎症反应。例如，T淋巴细胞等免疫细胞的功能失调，使得肠道炎症难以消退，长期处于炎症状态，进而引发克罗恩病相关的肠道病变。自身抗体参与： 部分克罗恩病患者体内会产生一些自身抗体，这些自身抗体可能参与了肠道炎症的发展过程，进一步破坏肠道的正常结构和功能。
环境因素方面
饮食因素： 一些研究发现，饮食结构的改变可能与克罗恩病的发病有关。比如，过多摄入高脂、高蛋白饮食，而膳食纤维摄入不足等情况，可能会影响肠道菌群和肠道的免疫环境，增加患病风险。感染因素： 某些病原体感染可能与克罗恩病的发生有关。虽然目前还没有确凿证据表明特定病原体直接引发克罗恩病，但一些细菌、病毒等感染可能会触发肠道的异常免疫反应，尤其是在有遗传易感性的个体中，更容易诱发疾病。