怀孕初期上厕所有褐色分泌物可能是以下原因导致的：
1.先兆流产：在怀孕初期，褐色分泌物可能是先兆流产的迹象。这可能是由于胚胎染色体异常、母体激素分泌不足、子宫畸形或其他因素引起的。孕妇可能还会伴有腹痛、阴道流血等症状。如果出现这些症状，应及时就医，医生通常会建议进行超声检查和孕激素水平测定，以确定胎儿的发育情况。如果确诊为先兆流产，医生可能会建议卧床休息、使用孕激素等药物进行保胎治疗。
2.异位妊娠：受精卵在子宫以外的部位着床发育，称为异位妊娠，也称宫外孕。宫外孕时，胚胎逐渐长大，绒毛侵蚀子宫肌层及血管，会引起阴道不规则流血，色黯褐，量少，一般不超过月经量。若发生输卵管妊娠流产或破裂，还会出现下腹剧痛，甚至导致大出血。一旦怀疑宫外孕，应立即就医，进行相关检查，如血β-HCG、孕酮、超声检查等，以明确诊断。确诊后，医生会根据具体情况选择手术治疗或药物治疗。
3.宫颈息肉：宫颈息肉是宫颈管黏膜局部增生，逐渐向外突出形成的赘生物。息肉质地脆弱，血管丰富，在同房或妇科检查时容易破裂出血，导致阴道分泌物中有血丝或褐色分泌物。宫颈息肉通常需要手术切除，手术简单，时间短，创伤小。
4.其他原因：除了上述情况外，阴道炎、宫颈炎、子宫肌瘤等也可能导致怀孕初期上厕所有褐色分泌物。
总之，怀孕初期出现褐色分泌物需要引起重视，建议及时就医，进行详细的检查，以确定原因，并采取相应的治疗措施。同时，孕妇应注意休息，避免劳累和性生活，保持心情舒畅，按时进行产前检查。