慢性扁桃体炎和慢性咽炎有以下区别：
一、发病部位不同：慢性咽炎发病时炎症主要在咽部黏膜，像咽喉壁、前后弓、悬雍垂等部位。而慢性扁桃体炎发作时炎症主要集中于扁桃体及其周围组织，病变部位处于前后弓扁桃体窝内。
二、症状表现不同：出现慢性咽炎时，喉咙会有异物感，咳嗽时常有喉咙痒、干咳以及咳出白色泡沫痰等表现。若是扁桃体炎，则会有喉咙肿痛，严重情况下会出现局部脓点，还可能伴有高热、头痛等症状。
三、治疗方式不同：临床上慢性扁桃体炎和慢性咽炎的治疗都包含保守治疗和手术治疗。在保守治疗方面两者有相似之处，一般都建议服用抗生素、清咽润喉药物进行治疗。而在手术治疗上有所不同，慢性扁桃体炎的外科治疗主要是扁桃体切除术，慢性咽炎的外科处理主要是低温等离子消融。
总之，当患者出现不适症状时，应及时就医检查，并在医生指导下进行治疗，切不可私自用药，以免引发不良反应。