拔牙后一侧头疼可能是多种原因引起的，一般来说，大约有10% - 20%的患者拔牙后会出现同侧头疼的情况。
局部炎症反应导致
拔牙创口炎症扩散：拔牙后如果创口发生感染，炎症可能会向周围组织扩散，影响到头部的神经和组织。比如拔牙创口清洁不彻底，细菌滋生引发炎症，炎症因子刺激周围神经，就可能导致一侧头疼。一般拔牙后2 - 3天内出现的轻度头疼，可能与局部炎症反应有关。牙槽骨创伤刺激：拔牙过程中对牙槽骨造成一定创伤，牙槽骨的神经受到刺激也可能引发头疼。例如拔牙时创伤较大，牙槽骨的神经末梢受到影响，就可能反射性引起一侧头疼。
神经反射因素
三叉神经反射：拔牙操作可能会刺激到三叉神经分支，通过神经反射引起一侧头疼。三叉神经分布范围较广，拔牙时的刺激可能会激活三叉神经的反射弧，导致同侧头部出现疼痛。比如下颌阻生智齿拔除时，对三叉神经的刺激相对较多，更容易引发同侧头疼。耳颞神经受影响：下颌阻生智齿拔除时，耳颞神经容易受到影响，耳颞神经分布区域包括颞部和耳部周围，当它受到刺激后，可能会引起同侧颞部及头部的牵涉痛。
心理因素影响
紧张焦虑导致：部分患者拔牙前比较紧张焦虑，拔牙后这种情绪可能延续，从而引起一侧头疼。尤其是一些对拔牙有恐惧心理的患者，拔牙后心理压力未缓解，可能会出现头疼症状。一般这类头疼在患者放松心情后会有所缓解，可能持续数小时到1 - 2天。暗示作用：患者对拔牙后头疼的预期或他人的暗示也可能导致头疼出现。比如听说别人拔牙后头疼，自己拔牙后就更容易感觉同侧头疼，这种心理因素引起的头疼没有明显的器质性病变基础，通过心理调节可能改善。