肠易激综合征的治疗药物需根据不同症状选择，一般来说，缓解腹痛的药物有匹维溴铵，它能选择性作用于胃肠道平滑肌，可在一定程度上缓解肠道痉挛引起的腹痛，通常没有严重的全身性不良反应，但对溴化物过敏者禁用；缓解腹泻的药物可选用洛哌丁胺，它能抑制肠道平滑肌的收缩，减少肠蠕动，一般首次剂量成人是2粒，之后每次不成形便后服用1粒，但肝功能严重不全者慎用。
调节肠道菌群的药物
益生菌类：比如双歧杆菌四联活菌片，它含有双歧杆菌、嗜酸乳杆菌等多种有益菌，能调节肠道菌群平衡，改善肠道功能，一般可以温水送服，但是对本品过敏者禁用。乳酸菌素片：它能在肠道形成保护层，阻止病原菌、病毒的侵袭，刺激肠道分泌抗体，提高肠道免疫力，成人一次1 - 2片，一日3次，但是对乳酸菌素过敏者禁用。
缓解精神症状的药物
抗抑郁药：如果肠易激综合征患者伴有明显的焦虑、抑郁等精神症状，可能会用到阿米替林，它可以通过调节神经递质来改善情绪，但可能会有口干、嗜睡等不良反应，严重心脏病、青光眼、前列腺肥大者禁用。选择性5 - 羟色胺再摄取抑制剂：像帕罗西汀，能改善患者的焦虑抑郁状态，一般初始剂量为每日20mg，但是癫痫患者、肝肾功能不全者等需慎用。
其他对症药物
止泻药：除了洛哌丁胺，还有复方地芬诺酯，它也能用于急、慢性功能性腹泻，但长期大量使用可能会产生依赖性，肠梗阻患者禁用。泻药：对于便秘型肠易激综合征，可使用乳果糖口服溶液，它能增加肠道内的渗透压，保留水分，软化大便，成人起始剂量每日30ml，维持剂量每日10 - 25ml，但是半乳糖血症患者禁用。