新生儿癫痫是一种较为复杂的神经系统疾病，多种因素都可能导致其发生。据统计，约有1/3的新生儿癫痫与遗传因素相关。
遗传因素相关
染色体异常：某些染色体的数目或结构异常可能引发新生儿癫痫。例如，21-三体综合征（唐氏综合征）患儿就有较高的癫痫发病风险，这类患儿除了有特殊面容等表现外，癫痫是常见的并发症之一。基因缺陷：一些特定的基因缺陷也会导致新生儿癫痫。比如离子通道相关基因的突变，会影响神经细胞的电生理活动，使得神经冲动的传导异常，从而引发癫痫发作。
产前因素影响
孕期感染：孕妇在孕期如果感染了风疹病毒、巨细胞病毒等，这些病毒可通过胎盘影响胎儿的神经系统发育，增加新生儿癫痫的发生几率。研究表明，孕期感染风疹病毒的孕妇所生新生儿，癫痫发生率比正常孕妇所生婴儿高很多。孕期接触有害物质：孕妇在孕期接触了铅、汞等有害物质，或者长期处于放射性环境中，都可能对胎儿的大脑发育造成损害，进而引发新生儿癫痫。例如长期接触铅污染环境的孕妇，其胎儿发生神经系统异常包括癫痫的风险会显著升高。
产时因素所致
早产：早产儿由于大脑发育尚未完全成熟，尤其是脑部的神经元细胞等发育不完善，容易出现神经功能紊乱，导致癫痫发作。一般来说，胎龄越小，早产新生儿患癫痫的可能性越大。产伤：在分娩过程中，如果出现难产、胎儿头部受到过度挤压等情况，可能会造成胎儿脑部的挫伤、出血等，这些产伤会影响大脑的正常结构和功能，从而引发新生儿癫痫。例如胎儿在产程中因产道挤压导致颅内出血，就可能继发癫痫。
产后因素引发
新生儿缺氧缺血性脑病：新生儿在出生后如果发生窒息等情况，导致脑部缺氧缺血，会引起脑损伤，这是导致新生儿癫痫的常见原因之一。据临床统计，约有一半的新生儿癫痫与新生儿缺氧缺血性脑病有关。新生儿胆红素脑病：新生儿胆红素水平过高，形成胆红素脑病，会损害神经系统，尤其是基底核等部位，进而引发癫痫。当新生儿血清胆红素浓度超过一定水平时，就容易出现胆红素脑病相关的癫痫症状。