月经长时间不干净的原因包括：
一、青春期功血：处于青春期时，由于下丘脑-垂体-卵巢轴尚未发育完善，调节功能欠佳，进而容易出现月经长时间不来，或者来了一次月经后却持续淋漓不尽、难以干净的情况，这被称为青春期功血。比如，下丘脑对性激素的负反馈作用敏感性下降，导致促性腺激素释放激素分泌异常，从而引起排卵障碍，使得月经周期不规律、经期延长等。
二、宫颈病变：
1.慢性宫颈炎：可能会导致在月经期间出血时间延长且不干净、淋漓不尽的现象。慢性宫颈炎多由病原体持续感染引起，患者可能会出现白带增多、发黄等症状。
2.宫颈息肉：也会造成月经期出血时间长且不干净。宫颈息肉通常是由于慢性炎症长期刺激，使宫颈管局部黏膜增生并向宫颈外口突出而形成。
三、子宫内膜病变：这是致使月经长时间不干净的关键原因。
1.子宫内膜增生：其病程较长，易引发子宫内膜的癌前病变甚至子宫内膜癌，进而导致月经长时间不干净。子宫内膜增生主要是由于长期无拮抗的雌激素刺激所致。
2.内膜息肉：也会出现这种情况。子宫内膜息肉的形成与雌激素水平过高、炎症刺激等因素有关。
四、内分泌失调：
1.多囊卵巢综合征：会有月经长时间不干净的表现。该病症可导致排卵障碍、雄激素过多等，进而影响月经周期。
2.黄体萎缩不全：同样会出现此类症状。这会使子宫内膜不规则脱落，导致月经周期正常，但经期延长。
五、剖宫产手术的女性：若子宫下段切口愈合不佳形成凹陷，每个月此处的子宫内膜脱落不完全，就会出现月经长时间不干净的情况，这种被称为子宫憩室。
总之，当月经长时间不干净时，需要从宫颈、子宫内膜、内分泌以及有无剖宫产病史等多方面进行综合分析和逐一排查，以明确具体原因并采取相应的治疗措施。