扁桃体化脓大多是由细菌感染引起的，其中最常见的致病菌是A组乙型溶血性链球菌，约占化脓性扁桃体炎致病菌的50%左右。
常见的致病细菌
A组乙型溶血性链球菌：这是引发扁桃体化脓比较常见的细菌，它会产生毒素，导致扁桃体出现化脓性的炎症反应，引发咽痛、发热等症状。金黄色葡萄球菌：也可能导致扁桃体化脓，这种细菌感染后，扁桃体局部会出现红肿、化脓的表现，患者会感觉咽部疼痛明显，吞咽时加重。
病毒感染相关因素
EB病毒：EB病毒感染也可能引发扁桃体化脓，不过相对细菌感染来说比例稍低一些。感染EB病毒后，除了扁桃体化脓，还可能伴有发热、乏力、淋巴结肿大等表现。柯萨奇病毒：某些类型的柯萨奇病毒感染也会造成扁桃体化脓，会引起咽部的炎症反应，出现化脓性改变。
免疫力低下的影响
儿童群体：儿童的免疫系统还不完善，抵抗力相对较弱，更容易受到细菌和病毒的侵袭，从而引发扁桃体化脓。比如3 - 10岁的儿童，扁桃体处于发育阶段，相对更容易发病。老年人：老年人随着年龄增长，免疫力逐渐下降，也容易出现扁桃体化脓的情况。他们身体的各项机能衰退，对病原体的抵御能力减弱，一旦有细菌或病毒入侵，就较易引发扁桃体的化脓性炎症。患有基础疾病的人：像患有糖尿病、艾滋病等基础疾病的人，由于自身免疫系统受到影响，抵抗力低下，更容易发生扁桃体化脓，而且病情可能相对更严重，恢复也比较慢。