病毒性软疣主要通过局部治疗去除，比如疣体夹除术是比较常用的方法，一般在医院由医生操作，几分钟就能处理一个疣体。
局部物理治疗
疣体夹除术： 这是治疗病毒性软疣很常用的方法，医生会用镊子将软疣小体完全夹出，然后局部涂以碘酊等防止感染。操作时要注意尽量把软疣小体夹干净，不然容易复发。激光治疗： 利用激光的热能破坏疣体，对于较大或者多发的软疣可以考虑。激光治疗后局部会有创面，要保持创面清洁干燥，避免沾水，防止感染，一般1 - 2周创面能愈合。
外用药物治疗
维A酸软膏： 可以外用维A酸软膏，它能调节上皮细胞的生长和分化，对软疣有一定的治疗作用，但起效相对较慢，可能需要连续使用几周时间。不过要注意，儿童使用时需谨慎，避免大面积长期使用。斑蝥素： 斑蝥素也可用于治疗病毒性软疣，它能引起皮肤局部炎症反应，促使疣体脱落。但使用时要准确涂抹，避免接触正常皮肤，以免引起刺激。
注意事项
避免搔抓： 患病部位不要搔抓，因为搔抓可能会导致自身接种，使软疣扩散到身体其他部位，引起更多的皮疹。个人卫生： 要注意个人卫生，保持皮肤清洁。衣物、毛巾等要单独清洗，避免与他人共用，防止传染给他人。免疫力调整： 对于免疫力较低的人群，比如患有基础疾病或者长期使用免疫抑制剂的人，要注意提高自身免疫力，比如通过合理饮食、适当运动等方式，因为免疫力低下可能会导致软疣反复发作。